یکی از شبهاتی که اخیراً در میان برخی از دانشجویان دیده می شود و گویا از شبهات بهائیانی است که می خواهند مستمسکی برای عقاید باطل خود پیدا کنند، قضیه دوازده مهدی پس از امام دوازدهم (علیه اسلام) است. این مستمسک، ناشی از وجود روایاتی است که در آنها به صراحت به آمدن دوازده مهدی پس از امام دوازدهم (علیه اسلام) اشاره دارد. به عنوان نمونه
و عن آبائه عن النبیّ صلّى اللّه علیه و آله قال: «قال- فی اللّیلة التی کانت فیها وفاته- لعلیّ علیه السّلام: یا أبا الحسن أحضر صحیفة و دواة، فاملى (فأملا) رسول اللّه صلّى اللّه علیه و آله وصیته حتّى انتهى هذا الموضع. فقال: یا علی إنه سیکون بعدى اثنا عشر إماما و من بعدهم اثنا عشر مهدیّا، فأنت یا على أول الاثنى عشر الإمام.
و ساق الحدیث إلى أن قال: و لیسلّمها الحسن إلى ابنه «م ح م د» المستحفظ من آل محمد صلّى اللّه علیهم. فذلک اثنا عشر إماما، ثمّ یکون من بعده اثنا عشر مهدیّا، فاذا حضرته الوفاة فلیسلّمها إلى ابنه أول المهدیین له ثلاثة أسامی اسم کاسمی و اسم أبى و هو عبد اللّه و أحمد و الاسم الثالث المهدی و هو أول المؤمنین».
ترجمه: امام (علیه السلام) از پدرانش از پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله) نقل می کند: «پیامبر (صلی الله علیه و آله) در شبی که می خواست وفات نماید به علی (علیه السلام) فرمود: ای ابا الحسن! یک کاغذ و دوات حاضر کن. رسول خدا (صلی الله علیه و آله) وصیتش را املا فرمود تا اینجا انتها یافت. و حدیث ادامه داشت تا اینجا که فرمود: تا اینکه امام حسن عسکری (علیه السلام) امر امامت را به پسرش "م ح م د" کسی که از بین آل محمد (صلّى اللّه علیهم) وجودش حفظ گردیده است، بسپارد. پس آنها دوازده امام هستند؛ سپس بعد از او، دوازده مهدی هستند. هنگامی که موقع وفات امام دوازدهم (علیه السلام) رسید، او هدایت و مهدی بودن را به پسرش که اولین نفر از آن مهدی های دوازدگانه است، می سپارد؛ امام دوازدهم (علیه السلام) سه اسم دارد؛ اسمی همانند نام من و اسمی مثل نام پدرم و آن عبدالله و احمد است و اسم سوم، مهدی است و او اولین ایمان آورندگان است.»
پاسخ ها و توجیه هایی نسبت به روایات نامبرده، گفته شده است مانند اینکه بعد از حضرت مهدى (علیه السلام) دولتى نیست؛ فقط در روایت ضعیفى هست که فرزندانش به جایش مىنشینند و در بیشتر روایات است که حضرت مهدى (ع) تا چهل روز پیش قیامت نمیرد، و آن موقعى است که هرج و مرج و نشانههاى قیامت پیدا شود و اگر بر ما لازم بود که بامامت دوازده نفر بعد از آنها (که در روایات دیگرى وارد شده) اقرار کنیم باید حدیثهاى متواترى هم در این باره باشد که در برابر حدیثهاى معارض بتواند مقاومت کند و ملاحظه جمع بین آنها بشود. نیز ممکن است این مهدی های دوازده گانه خلیفه و نایبانی برای امام دوزادهم باشند البته بدون مقام امامت. توجیه های دیگری مانند اینکه مقصود رجعت دوباره ائمه (علیهم السلام) است نیز گفته شده است.این احتمال نیز وجود دارد که منشا چنین روایاتی به زیدیه برگردد که می خواستند شاهدی برای افرادی که خود را مهدی می دانستند، داشته باشد و حتی احتمال دارد این نوع از روایات از ساخته های افرادی مانند وهب بن منبه و از اسرائیلیات باشد که روایاتی شبیه به آن را نقل کرده است.