یکی از شبهه‌هایی که در دهه‌ها و به‌خصوص سال‌های اخیر، به شکل گسترده منتشر شده و حتی برخی عالمان را دچار اشکال کرده این است که فقره‌‌های پایانی در زیارت عاشورا در آن نبوده و از قرن دهم(دوران صفویه) به بعد به نسخه‌های مصباح ‌المتهجد و مختصر مصباح ‌المتهجد (تألیف شیخ طوسی قدس‌سره) افزوده شده و در نتیجه زیارت عاشورا تحریف شده است.

یکی از محققان معاصر جناب محمودی گلپایگانی است که کتاب «زیارت عاشورا از آغاز تاکنون» را نوشته است. او در آن کتاب آورده است که در برخی از نسخه ها برگ های زیارت عاشورا در کتاب مصباح المتهجد برداشته شده و در برخی از نسخه های مصباح کبیر و صغیر به دلیل تقیه اضطراب دارد. مهم ترین دلیل مدعیان تحریف یک نسخه خطی از مصباح المتهجد است که برخی از فقرات را در بر ندارد که در بخش رازداری عالمان به تقیه شیخ طوسی در بغداد پرداخته ام و با تحقیق نشان داده ام که مصباح المتهجد دو تالیف در نجف و بغداد داشته است. منشأ درگیری بین شیعیان و حکام غیر شیعی ابراز شعائر شیعی است که به دلیل حفظ شیعیان در عصر شیخ طوسی باید تقیه صورت می گرفت. فقره پایانی در کامل الزیاره نیز به شکل دیگری به دست ما رسیده است که به تفصیل در کتاب مذکور آمده است که ابن قولویه این کتاب را در اواخر عمر در بغداد تالیف کرده است لذا باید تقیه را رعایت می کردند و فقره پایانی را با رعایت مباحث تقیه بیان کنند.

 عالمان شیعه بعد از شیخ طوسی هیچکدام زیارت عاشورا را از کامل الزیارات نقل نکرده اند و همه زیارت عاشورا را از مصباح المتهجد و مطابق آنچه امروز مشهور است نقل کرده اند. امروز باید این فقرات با پشتوانه علمی جزء زیارت عاشورا تلقی شود و روشنگری شود. جهاد تبیین در این جا نیز وجود دارد تا کسانی از علمای عامه در شیعه خانه امام زمان علیه السلام جرأت نکنند که وقتی رئییس دستگاه قضای شیعه، از معاویه صفتان می نالد، آن را ذم امیر معاویه بدانند. حقا که این نگاه به چنین شخصی در اوج بی انصافی نسبت به اهل بیت رسول خداست و ادعای فضیلت و عدالت همه صحابه با وجود چنین عملکردی که تاریخ نقل کرده و مشهور است که یاران و صحابه پیامبر را به شهادت رسانده و جنگ با علی علیه السلام نموده و هزاران خباثت دیگر، چگونه حاضر نمی شوند این مشکلات را ببینند و بیان آن را فتنه می دانند و جهاد تبیین در این قضیه را بر نمی تابند. حاشا و کلا که معاویه امیر جامعه ایمانی باشد.  در قالب تناقض گویی اعتقادی و دینی نیز ممکن است جمود اعتقادی ترویج شود. کاری که با بیانیه دادن برخی از به اصطلاح علمای عامه به تبعیت از تاریخ فکری خود و به پشتوانه بیرون از ایران، در ایران و شیعه خانه اهل بیت کردند. آری اینها همان بسان پف کردن به شمع است که ریش خودشان را می سوزانند. عالم حتی اگر از عامه باشد، وقتی کتاب های طبقات ابن سعد و اسد الغابه ابن اثیر و ... را می خواند، به جرم و جنایت معاویه اذعان می کند اگر علم همراه با انصاف داشته باشد. و السلام علی من التبع الهدی.