به گزارش صدای شیعه، اخبار العلما درباره این  بزرگ مرجع تقلید شیعه  می نویسد:
مرحوم آیـت اللّه الـعـظمی خوئی در مدت زعامت خود با مصائب و مشکلات فراوانی روبرو شدند، زیرا پس از تسلط عبدالکریم قاسم بر عراق و کودتاهای مکرر، وضع روحانیت و مردم نجف، دچار مشکل شد. کمونیستهای وطنی از یک سو و بعثیهای بی رحم از طرف دیگر، عرصه را بر روحانیت تنگ کردند خـصـوصـا از سال 1389 که بعثی ها روی کار آمدند، مصائب فراوانی آفریده و آیت اللّه العظمی حکیم و پس از وی آیـت اللّه العظمی خوئی را با مشکلات انبوهی روبرو نمودند.

در شهامت و استقامت این مرد بزرگ همین بس که در دوران تسلط بعثی ها، آنان نتوانستند از این مرجع بـزرگ، برگی به نفع خود دریافت کنند، یا در جنگ تحمیلی علیه ایران، دست خطی از ایشان بگیرند و ایشان پـیـوسـته با حفظ مرجعیت و حوزه علمیه نجف، کوچکترین باجی به آنان نداد و در عین حال نـاملایمات را تحمل می کرد، تا آنجا که گروهی از نزدیک ترین یاران ایشان به جرم خدمت و دیانت به زندان افتادند و از سرنوشت آنان خبری بدست نیامد تا با سقوط رژیم بعث خبر شهادت آنها اعلام شد.

در اینجا پاسخ آیت الله العظمی سید محمد صادق  روحانی به دو سوال درباره شخصیت آیت الله العظمی خوئی (اعلی الله مقامه) را می خوانیم.

سوال: نظرتان درباره شخصیت برجسته و ممتاز آیت الله العظمی خوئی (رحمة الله تعالی علیه) چیست؟

جواب: باسمه جلت اسمائه
ایشان در عرصه علم و فقاهت شخصیتی بی مانند است و سخن یکی از بزرگان درباره ایشان کاملا صدق می کند: هو أستاذی وأستاذ کل من یحفظ عنه العلم فی القرن الأخیر؛ به طور موجز و مختصر عرض می کنم که ایشان اعلم فقها از عصر غیبت تا کنون است و حداقل من کسی را اعلم از او نمی دانم؛ با این تفاسیر ایشان یقینا از مصادیق این روایت شریفه است: «من کان من الفقهاء صائناً لنفسه حافظاً لدینه مخالفاً لهواه مطیعاً لأمر مولاه فللعوام أن یقلدوه».خداوند ایشان را رحمت کند و با اجداد طاهرینش محشور نماید.
محمد صادق حسینی روحانی

سوال: آیا این سخن شما که آیت الله العظمی خویی را افضل علما از عصر غیبت تا کنون دانسته اید، مبالغه نیست؟ آیا می توانیم ایشان را اعلم از شیخ انصاری، شیخ مفید، میرزای شیرازی و شهیدین {شمس الدین محمد بن مکی مشهور به شهید اول و زین الدین بن علی معروف به شهید ثانی} و سایر علمای بی همتای دین بدانیم؟

جواب: باسمه جلت اسمائه
ایشان بی تردید از شیخ انصاری اعلم است، و اما شیخ اعظم اگر چه در اصول عملیه و مکاسب اعلم است اما در سایر مسائل فقهی چنین نیست، این مساله بر کسی که کتب فقهی وی (طهارت، زکات، خمس و مباحث دیگر) را دیده باشد، پوشیده نیست.
محمد صادق حسینی روحانی

منبع: http://www.rohani.ir/page-766.htm